カ、アブ、ブユなど吸血性昆虫は衛生害虫であり、特にカは多くの病気の媒介にかかわることから、駆除の対象になる。そのためにカダヤシなどの小型魚類の導入が行われ、現在ではそれが移入種問題を起こしているところもある。
他方、トビケラ類のシマトビケラ科には、糸を出して石を組み、網を張って流れてくるケイソウなどを食うものがある。これが水力発電所の水路の壁に多量に住み着き、そのために流速が落ち、発電に支障を来すこともある。
水生昆虫の中でも、トンボ、タガメ、ゲンゴロウ、ミズカマキリ、マツモムシといった昆虫たちは、かつてはため池や水田にはいくらでも住んでいて、子供に大変人気があり、古くからの遊び相手であった。しかし、身近な水回りの環境の変化、おそらくは農薬の影響、河川や池の改修による構造の変化など、様々な理由により、多くのものが簡単には見ることのできない存在になり、あるものは絶滅危惧種に指定され、あるものは地域によっては絶滅してしまった。現在、ビオトープと呼ばれる自然を呼び戻す事業があちこちで進められているが、その多くが池や水辺に関わるものであることは、このことと無関係ではない。
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児童生徒を対象として、川の中に生息する水生昆虫をはじめとする水生小動物を調査し、数や種類により水質を判断し環境問題を身近なところから考えてもらうカワゲラウォッチングもある。
様々な目に、水生昆虫に当たるものが含まれている。ごく一部の例を挙げる。
カメムシ目：アメンボ、タガメ、ミズカマキリ、マツモムシ、ミズムシ（風船虫）など、なじみのあるものが多い。
トンボ目：幼虫は水中生活で、ヤゴと呼ばれる。